專利權人主張其專利權被侵害時，必須負舉證責任。具體來說，當專利權人認為被控侵權人的產品侵害其專利時，專利權人必須經由正常的管道取得被控侵權人的產品，例由市場上購買被控侵權人的產品，並比對其申請專利範圍與被控侵權人的產品，藉此以證明被控侵權人的產品確實侵害其專利權。
透過上述的方式，專利權人便可完成侵權物與專利權的比對，並善盡必須的舉證責任。然而當專利權人的專利是方法專利時，往往便無法透過上述的方式證明被控侵權人侵害其專利權。主要的原因在於方法專利並非實體的構件，而專利權人更無法輕易得知被控侵權人實際的實施方法。舉例來說，當專利權人的專利是製造方法的專利時，專利權人必須得知被控侵權人的製造方法，才能進一步比對該製造方法及其專利權。然而在實務上，被控侵權人的製造方法通常是在工廠內實施，且產品的製造方法常常是廠商的營業秘密，因此對非被控侵權人公司的員工來說，並無法進入被控侵權人的工廠，並得知被控侵權人實際的製造方法為何。
若符合專利法第99條的規定時，專利權人可將舉證的責任適度轉移給被控侵權人。1.製造方法專利所製成的物品在專利申請前，相同物品未見於國內外；且2.他人製造的物品與方法專利所製造的物品相同。在符合上述兩項的規定時，便可推定該物有可能是以該專利方法所製造。當被控侵權人被推定具有舉證責任時，便需要向鑑定機構或法院揭示其製造方法，而鑑定機構或法院則有義務保障被控侵權人所揭示的製造方法及營業秘密，以避免損害被控侵權人的權益。在實務上要滿足上述兩個要件並不十分容易，因此在以製造方法提出專利申請時，應該要特別注意，請求項所描述之製造方法所製作的產品是否可符合上述的規定，否則之後在進行侵權訴訟時，專利權人可能會面臨舉證責任的困難。
另外損害賠償的訴訟中，通常只有被控侵權人具有證據資料，專利權人幾乎不可能取得。為解決上述的問題，若法院判斷專利權人的舉證明顯有困難時，得命被控侵權人提出為必要的協助。例如在專利侵權訴訟時，可要求被控侵權人提出商業帳簿等資料，以計算損害賠償數額。
專利專案經理 蕭錫裕
關鍵字：1.舉證責任；2.製造方法；3.損害賠償
參考資料
台灣專利法
台灣專利法逐條釋意
專利侵害鑑定要點
智慧財產局
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