如同上篇文章所述，大法官給予立法單位兩年緩衝時間修訂法律，兩年內未完成修法，相同性別之兩人可以直接依民法要件去登記結婚。大法官看似有「guts」史無前例做出「兩年後未修法直接適用」的決定，有問題的是，這兩年的間同性伴侶「結婚自由」的權利怎麼行使呢？
兩年修法期限內，同性伴侶可以辦理登記結婚嗎？[1]
關於修法期限內，人民該如何適用法律，大法官並沒有明確表示，造成法律適用上的空窗期，弔詭的是，行政機關必須依法行政，但是法令如果違背憲法又無效，既然大法官都說了法律沒有保障同性婚是違憲的，難道目前就可以反面操作開放同性婚姻登記了嗎？
內政部以 106 年 6 月 7 日函釋：「……考量前揭大法官解釋保障同性婚姻意旨，同性婚姻 2 年內完成法制化前，戶政機關尚無法律依據予以登記，爰於法制化完成前請戶政機關婉轉妥為說明大法官解釋意旨，請渠等先辦理同性伴侶註記，如法制化完成後，即得依法辦理相關登記，倘超過 2 年後仍未完成法制化作業者，戶政機關應依釋字第 748 號之意旨，直接受理同性結婚登記。惟為落實保障同性婚姻之意旨，本部已於 106 年 5 月 26 日發函提供範例、申請書表格式、作業程序等供尚未辦理同性伴侶註記之縣（市）政府參考，並請配合辦理同性伴侶註記服務。」等語。[2]
內政部為戶政單位的上級機關，依照此函，戶政機關在修法期間應無法未同性伴侶為結婚之登記，須待修法完成或是兩年期限到期後，方能為之。
參考資料：
[1] 臺北高等行政法院104年訴字第81號
[2] 內政部台內戶字第1060420398號函
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