中華民國目前所施行的專利法規定，由於發明專利有早期公開制度，而新型專利採形式審查，因此審查流程略有不同；以下就發明專利、新型專利、以及新式樣專利之審查與行政救濟流程說明之。
發明專利與新式樣專利的審查與行政救濟流程類似，因此一併以下方的流程圖說明之。發明與新式樣專利在備妥文件之後，送交智慧局申請進行審核流程；智慧局經程序審查之後，以申請書、說明書及必要圖式齊備且並無不妥內容之日訂為專利申請日。
發明專利部份，在申請日起十八個月後，經公開前審查，認為無不合規定程式，且無應不予公開之情事者，即將申請案作早期公開。發明專利在申請日起三年內，任何人皆能向智慧局提出進行實體審查。新式樣專利並無十八個月早期公開制度，且採用自動審查制，因此通過程序審查之後，不需再特別請求，智慧局即開始新式樣專利申請案之實體審查。
發明專利與新式樣專利在實體審查初審核駁之後，可再向智慧局提出一次再審申請。提出再審申請必須在收到初審核駁審定書後60日內，檢送再審申請書及理由書向智慧局提出再審申請。前述60日內之期限為法定期限，除不可抗力事件外（專17），一經踰越便無法補救。
於初審或再審查核準後，在核準審定書送達3個月內繳納證書費及年費，智慧局便公告專利並核發證書，專利權人自此獲得該專利權。而若再審查核駁，專利權人可於再審查審定書送達30日內向經濟部提起訴願；若訴願被駁回，則應於2個月內向智慧財產法院提起行政訴訟第一審；再不服智慧財產法院之判決者，可再向最高行政法院提起行政訴訟上訴審，並以其判決為最終判決。前述30日及2個月之期限同樣為法定期限（訴願法14、90），除不可抗力事件外，一經踰越便無法補救。
另外，若遭遇程序審查處分不受理，或是公告後遭到舉發的情形，若不服者，可於30日內提起訴願，自此與上述程序相同，最終可走到最高行政法院之判決。
至於新型專利之審查與行政救濟流程則見下圖。可知其與新式樣專利大致相同，惟採形式審查，即以不與前案重覆為其審查原則；另外，審查流程並無再審查的部份，即若形式審查若核駁，則必需直接向經濟部提起訴願。
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