一、出願
日本採用先申請制度，其準則為當兩方欲申請同一發明的專利時，先提出申請的那一方將取得專利權，因此，最好在發明完成後並尚未公開於公眾前儘早提出專利申請。
二、方式審査
提申文件遞交至日本專利局後，將被審核是否合乎規定，若未達到要求，官方也會發通知要求補呈文件。
三、出願公開
申請案取得申請日後的18個月起，會收到早期公開的通知。
四、審查請求
不同於美國申請案，日本申請案之申請人或第三人須向官方請求實體審查並繳納實審費用，專利申請案才會進入實審程序，期限為申請日起三年內需提出實審請求。
任一個在申請日起三年內未提出實審請求之專利申請案將會被專利局自動撤回，而且之後也不能再重新申請專利。
五、實體審查
審查委員審核申請案是否取得專利的要求如下：
1. 發明項是否以自然法則為基礎
2. 是否具有產業應用性
3. 發明項之技術概念是否於提申前就已存在
4. 發明項是否可被熟悉此技術的人員輕易的實施
5. 是否早於他人提出申請
6. 是否會產生違反公眾秩序或是道德的問題
7. 說明書內容有無符合專利性之要求
六、拒絕理由通知
若審委認為申請案不符合以上之要求，即會發下拒絕理由通知書。
七、申復理由書、補正書
收到拒絕理由通知後，申請人可針對核駁理由提交書面答辯說明該發明與引證案不同的地方，或是修正請求項來處理拒絕的理由。
八、特許查定
經審查結束或接受申請人回覆的答辯理由，審委若未發現拒予專利之理由，則會發下核准的通知書。
九、拒絕查定
另一方面來說，如果審委判定答辯意見書無法抵銷不予專利之理由時,就會發下拒絕給予專利權的通知。
十、拒絶査定不服審判請求
若申請人不服審委之拒絕理由，可提出不服審判的請求。
十一、審理
提出不服審判請求經合議委員審查後，若委員認為提出之申復意見書已克服拒絕的理由，則會發下特許審決，予以專利；反之，則為拒絕審決，仍不予專利。
十二、設定登録、特許公報
收到特許查定後，申請人可繳交領證的費用，而專利權隨即生效並且登錄在特許源部中取得專利號，證書也將寄予申請人，而專利權的內容將會公告在特許公報。
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